Em 1995, um grupo de professores de Química e de Física, lotados no Departamento de Matemática da UNICENTRO, decidiu criar o curso de Química. Surgia então o Departamento de Química e Física, o DEQF. O curso de Química foi implantado em 1996 com as habilitações bacharelado e licenciatura. Pouco tempo depois o DEQF criava um novo curso, Engenharia de Alimentos.
Em 2002 a universidade sofreu uma re-estruturação que provocou o desmembramento do DEQF em três novos departamentos: o Departamento de Química; o Departamento de Física; e o Departamento de Engenharia de Alimentos. O Departamento de Química, sigla DEQ, ficou responsável somente pelo curso de Química.
Após esforços do corpo docente do DEQ e da própria administração da universidade, o departamento conseguiu implantar em 2006 o mestrado em Química Aplicada.